どちらも食品に微生物（細菌、酵母、カビなど）が増えることによって起こる化学変化ですが、人によって有益な場合は「発酵」、有害な場合は「腐敗」と呼ばれます。
微生物や生成物の種類によらず、人の価値観に基づいて分けられています。