日常的に怪獣が人々をおびやかす世界。
怪獣を討伐する「日本防衛隊」への入隊を志していた日比野カフカは、
いつしかその夢を諦め、怪獣専門清掃業で働いていた。

「二人で怪獣を全滅させよう」

かつてそう誓い合った幼馴染の第3部隊隊長・亜白ミナの活躍と、
防衛隊を目指す後輩・市川レノとの出会いをきっかけに
再び夢を追い始めるカフカ。
しかしその矢先、謎の小型怪獣によって強大な力をもつ
“怪獣に変身”してしまう！

「怪獣８号」と名付けられ日本中から追われる存在になったカフカは、
それでも防衛隊員への夢を諦めず、怪獣災害に立ち向かうのだった――。