2000年6月末，美国总统克林顿和英国首相布莱尔在电视上发表了完成国际性人类基因组解读项目研究的共同宣言，这一举动震惊了全世界。令人期待的基因组解读可能产生对人类不可估量的贡献，这一领域不仅针对人体，还通过各类生物进行尝试，在乳酸菌领域，也从1990年代后半期开始，在很多属和菌种上展开研究。其中有些已经完成解读，乳酸菌的基因组信息近年来正在迅速得到积累。

无论是仅一个细胞构成的乳酸菌、还是约有60兆个细胞聚集的人体，为了生存下去，必须经常从外部吸收营养成分来产生能量，将体内零件以新换旧。基因组是指维持这种生命活动所需的所有功能关联的遗传信息，也被称为生命的设计图。
基因组的主体是被称为DNA的细绳状物质，是由A、T、G、C这4种碱基像文字一样排列连接而成。也就是说遗传信息是根据这4个文字的排列方式来决定的。乳酸菌的遗传信息由约200万个碱基对组成，人体的遗传信息则达到约30亿个。
而在这些碱基排列中，实际上有许多制作生命活动所必需的蛋白质的遗传基因位列其中。细菌中一般在1000个基因组碱基中有1个遗传因子，而乳酸菌则有2000个左右的遗传因子为人所知。 那么，解读基因组究竟需要做些什么呢？其实就是读取并确定那个生物所拥有的DNA的全部碱基排列。如果知道碱基的排列方式，就可以知道那个生物有多少个遗传因子，各自的遗传因子有着怎样的作用。

乳酸菌基因组的解读为什么很重要呢？乳酸菌通过发酵使乳糖等糖类变换成乳酸。这一过程已有众多的研究，乳酸菌不仅能制作乳酸，还能决定发酵食品的味道，并制作对人体健康有益的成分等起着各种有益的作用。乳酸菌所具有的各种功能和可能性涉及诸多方面，实际上还有很多方面尚未获得解释。解读基因组的重要性之一，是关于乳酸菌所表现出的多样性和许多有益的作用中，尚未获得解释的原理和结构等将会水落石出。例如，就某一性质方面想寻找更佳的乳酸菌时，如果了解与该性质有关的遗传因子，就可以去寻找能发现更强遗传因子的乳酸菌即可。也就是说，基因组信息是有效寻找优选乳酸菌株的一个重要的标志。
解读基因组还有一个重要的方面。例如，即使已经了解了所有的碱基排列，它们各自在乳酸菌的遗传因子中，究竟起着怎样的作用，其实还有许多不清楚的地方。通过调查这些遗传因子，有可能发现至今为止被忽略的新的性质和作用。基因组信息是激发隐藏着的乳酸菌能力的基础数据。

乳酸菌的基因组解读是以欧洲、美国和日本为中心进行的，其中欧洲一直发挥着领导作用，推动其进步。在历史上以乳牛业为中心发展起来的欧洲，酸奶、奶酪等发酵乳制品是人们饮食生活中不可缺少的一部分，而且，在经济上也是主要的财源，所以他们很早就认识到了乳酸菌研究的重要性。在这一背景下，乳酸菌研究越来越多的是以欧盟级别的大规模项目而不是单一国家项目进行，研究人员跨越国境进行交流，积极地进行共同研究和信息交换。因此，也最早开始着手解读基因组，世界上第一个乳酸菌全基因组是2001年由法国国立研究机构等公布的。
另一方面，美国对乳酸菌基因组的解读稍有落后，从几年前开始，组成国家项目致力于对具有产业用途的10株乳酸菌和1株双叉乳杆菌开展基因组解读，虽然尚不完全，但在网络上公开了这些解读数据。那么日本的现状如何呢？虽然已从几年前开始解读基因组，但与欧洲和美国相比，进行解读的机构规模非常小，仅限于部分大学和发酵乳制品有关企业。遗憾的是，日本的现状并未在世界性基因组研究中领先，而是落在了后面。

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